Polio : la Syrie touchée, et ensuite l’Europe ?

Dix cas de poliomyélite ont été confirmés en Syrie, tandis que le virus circule toujours à l’état sauvage en Israël. Alors que cette maladie paralysante n’a plus été constatée en Europe depuis 2002, les experts craignent qu’elle ne revienne dans certains territoires, y compris en Allemagne et au Royaume-Uni, où les politiques sanitaires ne sont pas forcément au point…




La poliomyélite est une maladie virale très contagieuse et paralysante, qui frappe surtout les enfants de moins de cinq ans. Devenue rare grâce aux efforts de l'OMS, elle frappe actuellement la Syrie. Et pourrait aussi revenir en Europe. © GrahmColm, Wikipédia, cc by sa 3.0
Après plus de deux ans et demi de conflit, les enfants syriens doivent faire face à un autre fléau : lapolio. Après avoir étudié de près 22 cas de paralysie flasque aiguë, l’OMS a, au 29 octobre, confirmé que 10 d’entre eux, regroupés dans la région de Deir ez-Zor, à l’est du pays, étaient dus à la maladie virale très contagieuse. Face au risque de propagation, l’OMS a lancé une campagne de vaccination dans le but d’immuniser 2,4 millions de jeunes Syriens. Les voisins directs en bénéficieront également. Les autorités sanitaires craignent désormais deux choses : que l’épidémiene gagne malgré tout du terrain, à cause de la guerre civile qui ralentit le bon déroulement des mesures préventives ; et que la Syrie ne devienne un nouveau territoire où la maladie estendémique.Pour l’heure, on considère que seuls trois pays sont dans ce cas de figure : l’Afghanistan, le Pakistan et le Nigéria, ce qui n’empêche pas de constater des cas sporadiques dans les territoires frontaliers. Il faut dire que depuis 1988 et le projet mondial d’éradication de la poliomyélite, les efforts se sont fait ressentir. S’il y a 25 ans, 350.000 enfants étaient concernés, en 2012, on n’a dénombré que 223 nouveaux cas. Soit une réduction de 99 %. Pourtant, l’actualité récente fait craindre aux experts une propagation à l’Europe, mal armée contre la maladie.Pour mémoire, après des efforts concertés, la polio a été éradiquée de la cinquantaine d’États que compte le Vieux continent en 2002. Mais depuis, certains pays, et pas uniquement les plus modestes, ont un peu baissé leur garde. C’est-à-dire que les systèmes de surveillance ne sont pas pleinement efficients et que les taux de personnes vaccinées sont trop bas. Si la France ne semble pas vraiment concernée, l’Allemagne et le Royaume-Uni font partie des territoires où le risque de résurgence est intermédiaire. L’Ukraine, la Roumanie, la Géorgie et la Bosnie-Herzégovine comptent, quant à eux, parmi les plus exposés.
En Syrie, l'OMS utilise le vaccin oral, à base d'un virus atténué. Il est un peu plus risqué, mais confère une protection contre la poliomyélite plus complète que le vaccin à base d'un virus inactivé, utilisé en Europe. © Unicef Sverige, Fotopédia, cc by 2.0
L’Europe menacée par la polio venant du Moyen-Orient

En effet, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (CEPCM, basé à Stockholm), ne cache pas son inquiétude. Comme l’Europe n’est pas bien immunisée et que de nombreux réfugiés syriens fuient les combats, le risque est à prendre au sérieux.Pourtant, si la probabilité de propagation depuis le Moyen-Orient est réelle, ce n’est pas la Syrie qui inquiète le plus. Mais Israël. En effet, depuis février dernier, le poliovirus a été détecté à plusieurs reprises. Aucun cas n’a été recensé, car la population de l’État hébreu est bien immunisée. La preuve avec ces 42 personnes chez qui l’on a retrouvé des traces du virus dans leurs déjections, sans pour autant qu’elles n’aient développé les symptômes. C’est la première fois que l’on constate une contagion du virus sans cas clinique.Cependant, le poliovirus semble persister, et les échanges avec l’Europe sont nombreux, ce qui laisse penser qu’il pourrait facilement voyager vers le Vieux continent. Cette situation pousse les experts à parler d’un risque élevé de propagation à l’international.Des campagnes de vaccination qui s’imposent

Car malgré tout, même une personne protégée peut rapporter en souvenir le virus sans pour autant présenter les symptômes, à l’instar de ces 42 Israéliens. Le vaccin utilisé en Europe, comme en Israël, est conçu à partir d’un virus inactivé. S’il protège effectivement de la maladie, le système digestif est quant à lui mal immunisé et tolère donc la présence du pathogène. Si bien qu’on le découvre dans les déjections et qu’il est possible de le transmettre par voie féco-orale. Or, 12 millions d’enfants européens ne sont pas vaccinés. Ils figurent de fait parmi les populations les plus exposées.C’est pourquoi l’OMS utilise en Syrie (comme sur les autres territoires) un vaccin oral fabriqué à partir d’un virus atténué. Dans ce cas, même les intestins réagissent bien et se débarrassent du pathogène. Il existe cependant un faible risque de déclarer la maladie. Face au danger que représente la poliomyélite, maladie lourdement handicapante et parfois mortelle, il ne faut pas lésiner sur les moyens.


Archéologie : une nouvelle technique rend l’ADN plus bavard

Une nouvelle technique améliorerait la purification d’échantillons d’ADN anciens contaminés par des gènes bactériens, tout en diminuant le coût de l'opération. Une découverte qui pourrait aider les archéologues à extraire davantage d’informations depuis les squelettes trouvés.




Ötzi est une célèbre momie retrouvée en 1991. Il s'agissait d'un homme ayant vécu il y a environ 4.500 ans dans les Alpes et qui a été conservé toutes ces années dans la glace. Depuis, son ADN, dans un très bon état, a parlé. © Didkovskaya, Flickr, cc by nc 2.0
Quelques cas sont emblématiques : Ötzi, le malheureux homme des glaces, certaines momies ou de rares squelettes font parler d’eux tant leur ADN, bien longtemps après leur mort, a été parfaitement conservé, le plus souvent grâce au froid du pergélisol ou de grottes retirées. Il devient possible d’analyser les échantillons dans tous les sens et de récolter de très nombreuses informations qui font avancer l’archéologie.Malheureusement, la plupart des cadavres n’ont pas bénéficié des conditions jugées idéales par les chercheurs de squelettes. Ainsi, l’analyse du génome de ces restes humains est polluée par l’ADN des bactéries qui se sont abritées dans les corps. C’est alors un véritable calvaire pour purifier les échantillons. En moyenne, il reste moins de 1 % du génome originel et l’essentiel de l’ADN provient des unicellulaires. En théorie, il est possible de tout séquencer puis de zoomer sur la partie qui intéresse les scientifiques. Mais la démarche est onéreuse et il en résulte un gâchis important qui n’en vaut pas la peine. À la place, les scientifiques préfèrent utiliser des séquences complémentaires à celles qui les intéressent pour se limiter à quelques petits échantillons. Mais là encore, la méthode reste coûteuse et chronophage.Des chercheurs de l’université Stanford (Californie, États-Unis) dirigés par Carlos Bustamante viennent d’annoncer lors du congrès annuel de la Société américaine de génétique humaine avoir développé une nouvelle technique bien plus performante, et bien moins chère. Leur publication est même accessible sur le site de l’American Journal of Human Genetics.
Le génome de nos ancêtres est presque identique au nôtre, et l’on peut facilement différencier l'ADN des Hommes de celui des bactéries à l'aide de sondes adaptées. © David Nelson, Wellcome Images, Flickr, cc by nc nd 2.0
La purification de l’ADN par l’ARN

Les scientifiques expliquent avoir utilisé de l’ARN plutôt que de l’ADN. Leurs sondes, c’est-à-dire des séquences d’acides nucléiques marquées se liant à des séquences complémentaires, sont capables de couvrir l’ensemble du génome d’un Homme moderne. Elles ont, de plus, été équipées d’un groupe chimique qui leur permet de se fixer à des billes microscopiques. Quel intérêt ? En passant l’échantillon à la centrifugeuse, on sépare les billes liées à l’ADN humain de l’ensemble desgènes bactériens. Après digestion de l’ARN, ne reste que le génome originel des squelettes.Les auteurs ont éprouvé leur méthode sur une douzaine de restes humains datés de -3.500 à -500 ans. Les résultats sont épatants : ils ont pu séquencer 13 fois plus de matériel génétique qu’avec les techniques actuelles en moins de manipulations, ce qui permet d’en découvrir davantage sur les squelettes. Ainsi, ils ont réussi à déterminer qu’une dent datée de -2.500 ans et retrouvée en Bulgarie appartenait à un individu ayant migré depuis l’Europe du sud, alors que l’on savait seulement qu’il s’agissait d’un Européen au sens large. Ils ont également révélé qu’une momie péruvienne de 500 ans n’avait pas d’ancêtres du Vieux continent, contrairement à ce que les explorateurs espagnols avaient pu raconter.Grâce à cette nouvelle technique de purification de l’ADN, les archéologues espèrent aller encore plus loin dans l’analyse de leurs échantillons et faire progresser leur science. Les auteurs annoncent ainsi étudier l’ADN ancien de chien pour remonter à l’origine de la domestication. Mais l’on peut imaginer d’autres applications : dans la police scientifique par exemple, mais aussi en bactériologie, pour purifier le génome des unicellulaires. Car parfois, ce qui dérange les scientifiques, c’est l’ADN humain...

Des bactéries friandes de sucres bénéfiques pour notre flore intestinale

Certaines bactéries du tube digestif possèdent l’attirail nécessaire pour dégrader et utiliser les sucres de l’intestin. Leur développement influencerait la croissance d’autres bactéries et favoriserait la mise en place d’un microbiote intestinal bénéfique pour la santé.




Le tube digestif est le réservoir d'un grand nombre de bactéries. On y trouve en effet plus de 500 espèces différentes. Certaines d'entre elles se nourrissent de mucus. © Pacific Northwest National Laboratory, Flickr, cc by nc sa 2.0
Notre tube digestif est le lieu de prédilection de milliards de microbes avec lesquels nous vivons en symbiose. Ils favorisent la digestion, améliorent nos défenses immunitaires et empêchent l’implantation des pathogènes. En retour, nous leur fournissons de la nourriture et un endroit agréable pour se développer.L’intestin est couvert par une couche de mucus, composée de grandes protéines complexes appelées mucines. Liées avec différents sucres, elles servent de source de nourriture et de point d’attache pour certaines bactéries du tube digestif. Cependant, toutes les espèces ne possèdent pas l’équipement nécessaire pour dégrader ces mucines et s’en nourrir. Selon certains spécialistes, la complexité et la structure des mucines seraient en réalité un moyen mis en place par l’organisme pour faire le tri dans les bactéries et organiser le développement de la flore intestinale.
MUC1 est une protéine transmembranaire de grande taille retrouvée dans de nombreuses cellules épithéliales sous forme glycosylée. Elle comporte un site de clivage dans sa partie extracellulaire qui lui permet d'intégrer le mucus. Ici, on peut voir sa structure tridimensionnelle. © emw, Wikipédia, cc by sa 3.0
Des chercheurs de l’Institute of Food Research au Royaume-Uni se sont intéressés à cette hypothèse. Dans leur étude, ils ont analysé l’interaction entre les mucines et les bactéries du tube digestif. Leurs résultats, publiés dans la revue Plos One, mettent en lumière l’importance des bactéries mangeuses de mucines dans l’implantation de la flore intestinale.Les bactéries qui aiment le mucus sont bienfaitrices

Les auteurs se sont penchés sur Ruminococcus gnavus, une espèce intestinale retrouvée chez 90 % des individus, y compris chez les bébés qui viennent de naître. Plusieurs études ont montré que les patients souffrant de maladies inflammatoires chroniques intestinales présentent une quantité anormale de Ruminococcus gnavus dans l’intestin. Cette bactérie serait donc importante pour la santé digestive.Pour cette étude, les chercheurs ont étudié la capacité de deux souches de Ruminococcus gnavusà se nourrir de mucines. Ils ont montré que les deux pouvaient manger le mucus mais qu'une seule pouvait s'en alimenter exclusivement, c'est-à-dire se multiplier dans un milieu contenant uniquement des mucines. En comparant leurs séquences génétiques, ils ont réussi à identifier des similarités et des dissemblances dans les gènes codant pour les enzymes destructrices de mucine, ce qui explique pourquoi elles s'en nourrissent différemment.Variabilités spatiale et temporelle

Pourquoi deux souches de Ruminococcus gnavus possèdent-elles des stratégies divergentes pour utiliser le mucus ? Selon les auteurs, cela serait dû à la variabilité de la composition du mucus dans l’intestin. Les deux types de bactéries se seraient adaptés à différents environnements afin de coloniser l’ensemble du tube digestif.Il est également possible que les deux souches s'installent dans le tube digestif à des moments variables. Celle capable de se développer uniquement en présence de mucines s'établirait très rapidement, dans le ventre des nouveau-nés par exemple, lorsque le mucus est la seule source decarbone disponible. L’autre souche s’immiscerait plus tard, dans la flore intestinale adulte, et profiterait à la fois des mucines et d’autres sources de carbone à disposition.Connaître en détail la composition de la flore intestinale et les espèces capables de savourer le mucus permettrait aux chercheurs de mieux appréhender les mécanismes et l'évolution des maladies digestives, comme la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.