Scusa Enzo, suppongo che l'SO tu lo abbia messo sull'ssd e non sui dischi fisici, quindi direi che se levando il disco fisico che ti da problemi il pc non parte più il problema è da qualche altra parte.
Lasciando il disco connesso il pc parte normalmente al netto dei problemi che ti da quel disco? Se si, io ti consiglio di copiarti quello che ti serve e tirare una bella formattata sostituendo quello che ritieni essere rotto. Possibile che sia un virus (oramai ce ne sono che agiscono anche sul primo settore dell'indirizzamento logico)? Se lasci solo l'SSD parte? Se fai il boot da lettore dvd usando un SO live (linux-windows) come se la passano i dischi fisici? Perche se il problema fosse nell'MBR anche lasciando il disco inserito non dovresti avere comunque accesso allo stesso...
Hai giocato un pò con i cavi scambiandoli per verificare che non sia la scheda madre che fa i capricci?

Regards